МОУ "Пайгусовская средняя общеобразовательная школа" была утверждена администрацией муниципального образования "Горномарийский муниципальный район" в 2002 г.
Но ее история началась 150 лет назад в 1861 году, когда в селе Пайгусово открылись две церковно-приходских школы (женская и мужская). Они были открыты Казанской палатой государственных имуществ.

Эти школы то открывались, то закрывались по разным причинам, в том числе и финансовым. К 1918 году осталась одна, которая в этом году была преобразована в Пайгусовскую начальную школу.

В 1934 году с возведением деревянной школы-клуба начато семилетнее обучение детей.

В 1959 году семилетняя школа переведена в восьмилетнюю.

В 1967 году построено первое в сельском районе типовое каменное двухэтажное школьное здание на 320 ученических мест, а в 1968 году завершено строительство типового пришкольного интерната для учащихся на 80 человек, оснащенные новейшим учебным оборудованием и необходимым комплектом средств хозяйственно-бытового назначения.

Решением Исполкома Горномарийского райсовета и Министерства просвещения Марийского АССР от 1 августа 1968 года произведено слияние Акчеринской и Пайгусовской восьмилетних школ. На этой базе создана Пайгусовская общеобразовательная средняя школа с 10-летним сроком обучения. С 1989 года средняя школа стала 11-летней.

Решением Собрания депутатов Горномарийского муниципального района XXXI внеочередной сессии V созыва от 19 декабря 2012 года муниципальному бюджетному общеобразовательному учреждению «Пайгусовская средняя общеобразовательная школа» присвоено имя Васиковой Лидии Петровны.